部活動の華々しい成果の裏で、進学実績の伸び幅も目を見張るものがあります。学校関係者の間では「岡山学芸館はもはや部活強豪校ではなく、本格的な進学校」という共通認識が定着しています。
近年の進学実績において際立つのは、地元・岡山大学をはじめとする国公立大学への現役合格者数の安定した推移です。さらに、大阪大学、神戸大学、九州大学といった難関国立大（旧帝大系）への合格者をコンスタントに輩出しています。
この実績を牽引しているのが、2つの特化コースです。
- 医進サイエンスコース：国公立大学医学部医学科や薬学・歯学部を目指し、大学や研究機関と連携した専門的な探究プログラムを展開。小論文・面接対策まで専任教員がマンツーマンで指導を行う。
- スーパーVコース：早期に高校課程を修了させ、3年次を共通テスト・二次試験の過去問演習と個別添削に充てるカリキュラム。予備校に通わずとも学校完結型で難関大を突破できる学習環境を確立。
また、英語科（IBコース）では、国際バカロレアのディプロマプログラムを通じて培った論理的思考力と高い英語力を武器に、早稲田大学、慶應義塾大学、上智大学、国際基督教大学（ICU）などの総合型選抜・学校推薦型選抜で圧倒的な合格率を叩き出しています。
