結論から明かすと、かばんちゃんの性別は「女の子（女性）」です。アニメ本編の物語展開、公式ガイドブックなどの関連資料、そして後続作品での描写を含め、すべての公式設定において女性として扱われています。
かばんちゃんの性別を語る上で決定打となるのが、物語終盤（第11話・第12話）で明かされたかばんちゃんの正体です。彼女はジャパリパークにかつて存在した研究者「ミライさん」の遺留品である帽子に付着していた髪の毛が、不思議な物質「サンドスター」と接触したことで誕生した「ヒトのフレンズ」でした。
『けものフレンズ』の世界観における基本ルールとして、サンドスターによって動物がフレンズ化する際、元の生物の性別に関わらず「すべて人間の女の子の姿」になります。かばんちゃんの原型となった遺伝子情報（DNA）の持ち主が女性であるミライさんであり、フレンズ化の法則自体が少女の受肉である以上、生物学的・設定的観点のどちらから見ても女の子であることは明白です。
