藤枝明誠のもうひとつの顔であり、学園の象徴とも言えるのが圧倒的な戦績を誇る強化指定部活動です。全国の高校スポーツ界にその名を轟かせる運動部が、極めて高い密度で共存しています。
【男子バスケットボール部】
冬のウインターカップや夏のインターハイにおいて、静岡県代表の座を幾度となく射止め、全国大会ベスト4・準優勝など全国制覇に手をかける屈指の強豪です。卓越した戦術眼を持つ指導陣のもと、全国から集結した精鋭と留学生プレイヤーが繰り広げる高速トランジションバスケは、高校バスケ界のトレンドを牽引しています。プロBリーグや実業団で活躍する卒業生も多数輩出しています。
【サッカー部】
サッカー王国・静岡という日本最激戦区において、全国高校サッカー選手権大会やインターハイへの出場歴を誇ります。藤枝東や静岡学園、浜松開誠館といった伝統校・強豪校と覇を競い合い、フィジカルの強さと組織的な規律を兼ね備えたモダンフットボールを展開。プロJリーガーをコンスタントに生み出す育成環境は県内外から高く評価されています。
【野球部＆陸上駅伝部】
野球部は激戦の静岡大会を勝ち抜き、夏の甲子園（全国高校野球選手権大会）出場を果たした実績を持ち、常に県内シード上位に君臨しています。さらに陸上競技部（駅伝）は、全国高校駅伝（都大路）への出場経験を有し、タフなロードレースで全国の競合と渡り合っています。これらのトップアスリートたちが日常のキャンパスを闊歩することで、学校全体に「大舞台で結果を出す」という強烈な勝負勘が根付いています。
