車社会である茨城県において、宿泊先選びの決定打となるのが駐車インフラです。東横INN水戸駅南口 駐車場は敷地内に立体駐車場を備えていますが、完全先着順（予約不可）での運用となっています。
敷地内駐車場の利用料金は1泊あたり約500円〜800円前後と非常に良心的ですが、収容台数に上限があり、ハイルーフ車や大型SUVなど車両制限（高さ・車幅）に抵触する場合は入庫できません。夕方18時を過ぎると満車になる確率が高まる点には注意が必要です。
万が一敷地内が満車となった場合でも、東横INN水戸駅南口 提携駐車場 料金および近隣コインパーキングの相場は24時間最大600円〜900円程度で推移しています。水戸駅南口周辺は平面コインパーキングが多数点灯しているため、少し歩く許容範囲（徒歩2〜4分）を持っていれば「車を停められずに路頭に迷う」という事態はまず防ぐことができます。
