医薬品やサプリメントとして長年使われている有胞子性乳酸菌は、基本的に重篤な副作用の心配がない極めて安全な食品成分です。アメリカのFDA（食品医薬品局）においてもGRAS（一般に安全と認められる食品）認定を受けています。
ただし、飲み始めの数日間において「おならが増えた」「お腹がゴロゴロ張る」といった一過性の違和感を覚えるケースがあります。これは腸内で善玉菌が活発に活動を始め、悪玉菌とのパワーバランスが入れ替わる過程で生じる一時的な反応です。通常は数日から1週間ほどで腸内環境が安定し、不快感は自然と治まります。
万が一、下痢や腹痛が長く続く場合は、製品に含まれる他の添加物や賦形剤が体質に合っていない可能性が考えられます。その際は一旦摂取を中止し、様子を見るのが賢明です。
