エヴァンゲリオン第13号機は、ネルフがゼーレのシナリオを完遂するため、そして碇ゲンドウが自らの真の目的を果たすために極秘裏に建造した最後の機体です。劇中において渚カヲルは本機を「アダムスの生き残り」と呼びました。これは従来の汎用ヒト型決戦兵器とは根本から出自が異なることを意味しています。
新劇場版の世界観において、セカンドインパクトを引き起こした光の巨人「アダムス」は4体存在していました。通常の正規実用型エヴァ（2号機や8号機など）が第2使徒リリスの模倣、あるいは使徒の複製として造られているのに対し、第13号機はそのアダムスそのものを素体として直接転用・改装した存在です。
この出自の違いこそが、第13号機が他のエヴァと一線を画す圧倒的なスペックを持つ理由です。本機は通常のエヴァのように外部電源ケーブルを必要とせず、単独で無制限の活動が可能。さらには使徒を捕食することで容易に「疑似シン化形態」へと移行し、世界を再構築する儀式の依代（よりしろ）となるポテンシャルを最初から秘めていました。
