ゴッドクリーナーを体験した人が最も驚くのは、30分ほどの間に起こる劇的なお湯の色の変化です。透明なお湯が黄色から茶褐色、さらには濃い濁りへと変わり、油のような膜や黒い粒子が浮かび上がってきます。この現象の背景には、主に電極の電気分解による酸化反応が存在します。
機器のフットバス内には専用の電極カートリッジが設置されており、微弱な電流を流すことで食塩水（電解液）を電気分解します。この過程で電極に含まれる鉄や銅などの金属イオンが溶け出し、水中の不純物や酸素と結びついて酸化鉄（サビ）などを生成するため、人の足を一切入れない状態であっても水は徐々に茶色く変色します。
では、足を入れる意味は全くないのでしょうか。開発元や検証機関の報告によると、微弱電流と超還元水が足裏の汗腺を刺激し、体内の代謝産物や皮脂、老廃物がわずかに引き出されるとされています。つまり、「すべてが体内の毒素」という説明は科学的に誤りであるものの、「電極の酸化反応をベースにしつつ、皮膚からの分泌物が混ざり合って独特の濁りを形成している」というのが客観的な事実です。
