大手航空会社が羽田や伊丹などの大都市ハブに便を集中させる中、フジドリームエアラインズの路線図は「地方と地方を乗り継ぎなしで結ぶ直行ネットワーク」に特化しています。
名古屋小牧からは青森、花巻、山形、新潟、出雲、高知、福岡、熊本など東北から九州まで幅広い直行便が就航。静岡空港からは札幌（丘珠・新千歳）、出雲、福岡、鹿児島などを結んでおり、新幹線や乗り継ぎ便を使うと半日以上かかるルートをわずか1〜2時間程度で移動できます。さらに神戸空港や松本空港（信州まつもと空港）発着の路線も拡充されており、観光周遊ルートの選択肢が大幅に広がっています。
