薬学部選びにおいて、偏差値と並んで家庭の大きな判断材料となるのが6年間の学費です。日本大学薬学部の学費は、初年度納入金（入学金・授業料・施設設備費・諸会費）が約250万円、2年次から6年次までは年額約235万〜240万円前後で推移し、6年間の学費総額は約1,420万〜1,450万円となります。
この金額は、私立大学薬学部（6年制）の全国平均である約1,200万〜1,400万円と比較すると、平均的かやや高めの水準です。しかし、単に金額の多寡だけで判断するのは早計です。注目すべきは、投じた学費に対してどのような教育インフラが還元されているかという「教育コストの回収度」です。
日本大学は国内屈指の規模を誇る総合大学であり、板橋病院をはじめとする複数の大学付属病院を擁しています。理工系から発祥した薬学部ならではの高度な分析機器や、模擬薬局・模擬病室を備えた臨床薬学実習センターなど、施設への投資規模は単科薬科大学を圧倒します。私立薬学部のなかには臨床実習先の確保に苦心する大学も存在するなか、自前の巨大医療ネットワークで完結した高度医療薬学を学べる環境は、学費に見合うだけの確固たる実質的価値を備えています。
