本作最大の関心事であり、視聴者を最も驚かせたのが「江戸川コナンの記憶喪失の真相」です。作中でコナンが見せていたおびえる表情や、自身の探偵アイテムを扱えない様子は、すべてコナン自身が仕組んだ巧妙な狂言（演技）でした。
コナンは銭湯で足を滑らせた直後、意識を失う寸前にタツがロッカーから不審な荷物（プラスチック爆弾の起爆装置）を取り出す瞬間を目撃していました。相手が危険な組織犯罪に関与していると瞬時に見抜いたコナンは、無力な子どもを演じて油断させ、組織の全貌と犯行計画を内部から暴くために記憶喪失のふりを貫く決断を下したのです。
物語の中盤、記憶を失ったはずのコナンが誰もいない隙を見計らい、冷静な表情で追跡メガネの予備パーツを操作し、阿笠博士や灰原哀へ暗号メッセージを送信するシーンは、本作屈指のカタルシスを生み出しています。敵の目を欺くため、あえて自らを危機的状況に置きながら情報収集を進めるコナンの並外れた胆力と知略が際立つ展開となりました。
