ヨーグルトに対して慎重論がある一方で、医療現場や臨床研究において特定の乳酸菌が機能性消化管障害に対して確かな成果を上げているデータも存在します。その代表格が、株式会社明治が開発した「Lactobacillus gasseri OLL2716（LG21乳酸菌）」です。 一般的な乳酸菌は胃酸に弱く、胃の中を素早く通過して腸へ向かう性質を持ちますが、LG21乳酸菌は「胃粘膜への高い定着性」と「強酸下での生存力」を併せ持つ特殊なプロバイオティクスとして選別されました。 新潟県上越市の医療機関「小山医院」をはじめとする複数の臨床現場や研究機関からの報告によると、機能性ディスペプシア患者を対象にLG21乳酸菌を含むヨーグルトを継続摂取させた臨床試験において、4週間、8週間、12週間と摂取期間が長くなるにつれて、胃もたれや心窩部痛（みぞおちの痛み）の改善率が段階的に向上したという客観的なデータが示されています。特に、食後の胃もたれや早期膨満感を主症状とする「食事関連症状（PDS群）」において有意な自覚症状スコアの好転が確認されています。
日本胃腸病学会のガイドライン策定に関わる専門医たちの間でも、プロバイオティクスが腸内細菌叢のバランスを整え、腸と脳が自律神経やホルモンを介して相互に影響し合う「脳腸相関（Gut-Brain Axis）」を正常化させる可能性については前向きに評価されています。ただし、一部の消化器内科医からは「医薬品ほどの即効性や全例に対する劇的なエビデンスがあるわけではなく、あくまで食事療法の補助的な位置づけである」との慎重な見解も示されており、過度な盲信は禁物と言えます。
