南果歩の私生活を語るうえで避けて通れないのが、二度の結婚と別れです。1995年、作家でミュージシャンの辻仁成と結婚し、男児を出産。知性派カップルとして注目を集めましたが、2000年に離婚が成立しました。離婚の背景にはお互いの多忙によるすれ違いや価値観の変化があったとされ、南果歩が息子の親権を持ち、シングルマザーとして育て上げました。
その後、2005年に俳優の渡辺謙と再婚。渡辺のハリウッド進出を献身的に支え、公私ともに「おしどり夫婦」として広く知られる存在となりました。しかし、2016年に南果歩自身が乳がんを発覚して手術を受けた直後、渡辺の不倫問題が週刊誌によってスクープされます。自らが命と向き合う極限状態の中で起きた裏切りは、彼女の心身に深刻なダメージを与えました。
約1年以上の別居と協議を経て、2018年に正式に離婚が成立。当時の特番インタビューや手記において、南果歩は「すべてが音を立てて崩れ落ちた」と吐露しつつも、相手を過度に断罪することなく、自らの足で歩き直す決意を語っています。この経験が、彼女の精神的自立をより強固なものへと昇華させました。
