センターフィーと混同されやすい商慣行に「リベート（売上割戻金・販売奨励金）」や「特売協賛金」があります。これらは金銭の授受が発生する点では似ていますが、その目的と性質は明確に区別されます。
リベートは、一定期間内の目標販売額の達成や取引拡大に対するインセンティブ（謝礼）として支払われるものであり、基本的には販売促進を目的とした事後的な精算です。一方、センターフィーはあくまで「物流センターの荷受け・仕分け機能を利用した実費対価」という役務提供の性格を持ちます。
この違いは企業の財務・会計処理にも直結します。センターフィーの勘定科目は、実態に応じて以下のように処理されるのが通例です。
納入業者側では、実質的な物流役務の対価であれば「荷造発送費」や「支払手数料」などの販管費として計上します。ただし、対価性が曖昧で実質的な値引きとみなされる場合は「売上値引」や「売上割戻（売上高のマイナス）」として処理されることも少なくありません。小売側においては「受取手数料」や「雑収入」、あるいは自社の物流費用の控除項目として処理されます。
