古総湯の魅力は建築美だけに留まりません。注ぎ込まれる温泉そのものも、北陸屈指の実力を誇る名湯です。泉質はナトリウム・カルシウム-硫酸塩・塩化物泉。加水や加温を一切行わない源泉かけ流しで提供されており、湯口からは常に新鮮な生源泉が注がれています。
硫酸塩泉特有の「肌を包み込むようなしっとり感」と、塩化物泉の「高い保温効果」を兼ね備えており、湯上がり後も芯から温かさが持続するのが特徴です。神経痛、関節痛、冷え性の改善はもちろん、切り傷や皮膚の乾燥をやわらげる美肌効果にも優れています。お湯の温度はやや熱めの42度前後に保たれており、キリッとした浴感が温泉通からも高い評価を集めています。