浜松修学舎の名を全国区へと押し上げた最大の要因の一つが、ハイレベルな部活動の実績です。とりわけ卓球部は全国中学校体育大会やインターハイにおいて幾度となく上位進出を果たし、世代別の日本代表選手を輩出するなど、名実ともに全国トップクラスの強豪として知られています。
専用の練習場や専門指導陣の手厚いサポート、全国から集まるトップアスリートたちと切磋琢磨できる練習環境は、公立校では得難い大きなアドバンテージです。また、卓球部と並んで全国大会の常連となっているのがトランポリン部です。国際大会への出場や全日本ジュニア選手権でのメダル獲得など、目覚ましい成果を出し続けています。
スポーツ推薦で入学する生徒だけでなく、一般入試で入部して力を伸ばす生徒も在籍しており、部活動全体に「挑戦を称え合う気風」が根付いている点も同校ならではの特色です。
