8つのメダルを集めた先に待ち受けるのが、ポケモンカードドームに君臨する4人の「グランドマスター（ヒロコ、スティーブ、カネコウジ、リュウドー）」と、最終戦のライバル・ランドです。プレイヤー有志による検証Wiki「ポケモンカードGB デッキ置き場」でも指摘されている通り、四天王戦の基本的な考え方は「弱点なし、闘抵抗、そしてHP100の大型ポケモンをどう処理するか」に集約されます。
グランドマスター各人のデッキは、単なる力押しではなく明確なコンセプトを持って構築されています。 1人目のヒロコはフリーザーを中心とした水・氷の耐久戦術を展開。2人目のスティーブはサンダーLV68の無差別放電を駆使。3人目のカネコウジはファイヤーによる炎エネルギーの急速充填と高火力連打。そして大トリのリュウドーは、カイリューを筆頭に草・水・炎を操る「ドラゴンデッキ」で立ち塞がります。
これらHP100超えのモンスターを正面から削り合うのは得策ではありません。ここで絶大な威力を発揮するのが、ピクシーの「ゆびをふる」です。相手が苦労して4エネルギーを貼って繰り出す大技（りゅうのいかり、ふぶき等）を、ピクシーなら無色2個エネルギー1枚でそのまま撃ち返すことが可能です。さらに『エネルギー・リムーブ』や『超エネルギー回収』を連打して敵の行動を封殺すれば、四天王といえども手も足も出なくなります。
グランドマスターとランドを打倒することで到達するのが、本作の真のエンディングであり、最大のやり込み要素であるポケモンカードGB 伝説のカード入手方法です。勝利後に開かれるドームの宝物庫では、以下の「伝説のカード」4種類のうち1枚をランダムに受け取ることができます。
- ファイヤーLV37（ほのおのまい）：山札から炎エネルギーを自分のポケモンにランダムで最大4枚付ける超加速エンジン。
- サンダーLV68（ビッグサンダー）：ベンチ無視で30ダメージをばら撒く、速攻デッキの絶対的ピース。
- フリーザーLV37（ふぶきのいぶき）：相手のベンチ全員にもダメージを与える制圧型広域アタッカー。
- カイリューLV41（いやしのかぜ）：ベンチに出した瞬間、自軍全員のダメージカウンターを2個ずつ取り除く鉄壁のヒーラー。
クリア後に殿堂入りを果たした後は、ドームに再びグランドマスターたちが常駐します。四天王と再戦して勝利を重ねるごとに未所持の伝説のカードを順次回収できる仕様となっており、4種類すべてをコンプリートすることが真のカードマスターへの到達点となります。
