街で見かける通常のドン・キホーテと「MEGAドン・キホーテ」の最大の違いは、店舗コンセプトと品揃えの根本的な設計にあります。通常店舗が「便利(コンビニエンス)+ディスカウント+アミューズメント」を掲げ、若者や深夜客を主対象に圧縮陳列の迷路型売場を展開しているのに対し、MEGAドン・キホーテは「ファミリー型総合ディスカウントスーパー」として設計されています。
売り場面積は通常店舗の平均約1,000〜3,000㎡に対し、MEGAドン・キホーテは3,000〜10,000㎡超(平均約9,000㎡規模)と圧倒的なスケールを誇ります。最大の特徴は、一般的なスーパーと同等以上の「生鮮食品(青果・鮮魚・精肉・惣菜)」をフルラインナップで常設している点です。さらに、ベビーカーや大型ショッピングカートが余裕を持ってすれ違えるよう、メイン通路幅が約2メートル前後に拡張されており、日中のお買い物客がストレスなく回遊できる空間設計が施されています。
MEGAドン・キホーテと通常店舗の違いを理解する上で外せないのが、「MEGAドン・キホーテUNY」というダブルネーム店舗の存在です。これは旧ユニー(アピタ・ピアゴ)の総合スーパーをPPIHのノウハウで業態転換したもので、東海エリアを中心に全国で高い集客力を発揮しています。生鮮の専門技術を持つ旧ユニーの強みと、ドンキのディスカウント調達力が融合したハイブリッド型店舗となっています。