高崎山うみたまご前をスタートし、別府湾沿いの別大国道を駆け抜け、大分市営陸上競技場（ジェイリーススタジアム）でフィニッシュを迎える42.195km。別大マラソンのコース高低差は全体を通じて約10m未満と極めてフラットで、記録を狙いやすいレイアウトとして世界基準でも高く評価されています。
しかし、この平坦コースには「別府湾からの海風」という最大の伏兵が存在します。特に20km過ぎから大分市街地へ向かう直線区間では、強い向かい風が吹き荒れる日があり、単独走になると急激に体力を削られます。
攻略の鍵は、同じ目標タイムを持つ集団の後方に位置取り、風除けを活用しながら省エネ走法を徹底することです。コースの特性を熟知し、30km地点の弁天大橋のわずかな傾斜を越えるまで足を温存できるかどうかが、終盤の失速を防ぐ分水嶺となります。
