「室内だから害虫は発生しない」という油断は禁物です。土を使わない水耕栽培であっても、換気時の窓の隙間や外から持ち込んだ衣類などを経由して、アブラムシやハダニ、コバエ（クロバネキノコバエ）が侵入することがあります。
特に容器内の水や湿った培地はコバエの産卵場所になりやすいため、物理的な遮断が有効です。不織布やメッシュの細かいバジル水耕栽培用の虫除けネットで容器全体を覆うか、培地露出部をバーミキュライト等で覆うことで、産卵行動を完全にシャットアウトできます。
さらに、本来バジルは寒さに弱い非耐寒性の一年草ですが、室内環境をコントロールすれば翌年以降も株を維持する「冬越し」が可能です。バジル水耕栽培の冬越し（2026年最新基準）では、室温管理と根の保温が鍵を握ります。
バジルは気温が10℃を下回ると成長を停止し、5℃以下で葉が黒変して枯死します。冬期は窓際から部屋の中央へ移動させ、夜間の冷え込みを避ける必要があります。小型のUSB爬虫類用ヒーターマットや園芸用保温パネルを容器の下に敷き、水温を常に15℃〜20℃に維持することで、厳冬期であっても柔らかな新芽を展開させ続けることが可能です。
