茨城県立土浦第二高等学校の入試難易度を測る上で、まず指標となるのが偏差値66という極めて高い水準です。茨城県内の公立高校全体で見てもトップクラスに位置し、水戸一高や土浦一高、竹園高に次ぐ上位進学校グループを形成しています。
近年の一般入試における実質倍率は1.15倍〜1.30倍程度で推移しており、地域上位層による安定した出願が続いています。県立高校一般入試（5科目500点満点）での合格ボーダーラインは、年度ごとの平均点によって多少の変動はあるものの、確実圏を狙うには410点以上、最低でも395点〜400点の得点力が求められます。内申点（調査書）についても、9教科合計で115点〜125点以上（135点満点）をキープしておくことが安全圏に入る前提条件です。
