仙秋号を利用する上で最も留意すべきリスクが、天候や道路状況による運行遅延です。同路線は仙台宮城ICから東北自動車道を北上し、北上JCTを経由して秋田自動車道へと抜け、奥羽山脈を横断するルートを走行します。
特に12月から3月にかけての冬季は、横手・大曲・湯沢エリアを中心とする内陸部の豪雪地帯を通過するため、冬タイヤ規制や吹雪による速度規制、あるいは事故に伴う通行止めが発生しやすくなります。通常ダイヤより30分から1時間以上の遅れが生じるケースは珍しくありません。
当日スムーズに行動するためには、乗車直前に運行各社の公式サイトで発表される仙秋号の運行状況や高速道路情報（ドラとら等の交通情報サイト）を必ず確認してください。万が一、大幅な遅延や運休が予想される悪天候時には、無理をせず運行安定性の高い秋田新幹線への迂回を迅速に判断する危機管理能力が求められます。
