SNSや料理コミュニティで大根の甘酢漬けに関する口コミを調査すると、「作り置きしておいたら容器に強烈な匂いが残った」「常温に一晩置いていたら表面が白く濁って酸っぱくなった」といった保存トラブルが数多く報告されています。
まず押さえておくべきは、大根甘酢漬けの日持ち（常温・冷蔵）の限界値です。酢には強い静菌作用があるものの、塩分濃度が低い家庭用の甘酢漬けは常温保存は厳禁です。特に室温が20度を超える環境では、大根の水分によって雑菌が繁殖しやすく、1〜2日で異臭や傷みが発生します。必ず冷蔵庫（10℃以下）で保存し、衛生的に取り扱った場合で約7〜10日間が美味しく食べられる期限です。
また、大根甘酢漬けの作り置きにおける保存容器の選定も見落とされがちな盲点です。酢に含まれる酢酸は酸性が強いため、アルミニウムやスチールなどの金属製容器を使うと腐食や金属臭移りの原因になります。また、一般的なプラスチック製タッパーは酢や大根特有のイオウ化合物（辛味成分由来の匂い）がプラスチックの微小な気孔に吸着し、洗っても匂いが取れなくなります。保存には耐熱ガラス容器、陶器、または使い捨ての密閉ポリ袋を使用するのが鉄則です。
