新潟シティマラソンのコースプロフィールを概観すると、越後平野の地形を反映して全体的なコース高低差は非常に少ない設計になっています。スタートのデンカビッグスワンスタジアムから新潟駅前、そして重要文化財である萬代橋を抜ける前半は道幅も広く、新潟の都市景観を楽しみながら快調にペースを刻むことができます。
しかし、多くのランナーが「思わぬ伏兵」として口を揃えるのが、レース中盤に登場する新潟みなとトンネルです。信濃川の河口下をくぐるこの海底トンネルは、入口で急激に下り、出口で急激に上る特有のV字勾配を持っています。往路と復路で合計2回このアップダウンを通過することになり、約20km前後の疲労が蓄積し始める脚へ確実にダメージを与えます。
さらに、トンネルを抜けた後の日本海沿岸から信濃川やすらぎ堤へと続く後半区間は、遮るもののない直線が続き、秋特有の日本海からの向かい風や日差しが体力を削ります。路面コンディションの変化も相まって、記録狙いのランナーであっても後半のペースダウンを強いられるケースが後を絶ちません。
