医薬品医療機器総合機構（PMDA）の添付文書情報を見ても、プロペトの重大な副作用報告は極めて稀だ。主成分自体が生体反応を起こさない不活性な構造を持つため、薬理作用による副作用のリスクは事実上ゼロに近い。
しかし、誤った使い方による二次的な肌トラブルには注意が必要だ。最も多いのが、厚塗りによる「毛穴の閉塞」である。皮脂分泌の多い部位やニキビの患部に大量に塗り込むと、毛包炎や吹き出物を誘発することがある。また、不純物が極限まで除かれているとはいえ、超敏感肌の個体差による接触皮膚炎が完全に排除されるわけではない。万が一、塗布部位に赤みやかゆみ、熱感が生じた場合は速やかに使用を中止し、専門医へ相談することが鉄則となる。
