ボイルベビーホタテの調理において、最も多くの人が直面する失敗が「身の縮み」と「パサつき」です。ホタテの筋肉（貝柱）は、約50℃を超えるとタンパク質の変性が始まり、60℃〜65℃を超えると筋原線維タンパク質（ミオシン・アクチン）が強く収縮して内部の水分を外へと絞り出してしまいます。市販のボイルホタテは水揚げ直後に最適な温度で一度スチーム加熱されているため、家庭での調理は「再加熱」にあたります。生ホタテと同じ感覚で最初から強火で加熱し続けると、水分が抜けてゴムのような硬さになってしまうのです。
プリプリの弾力を保つための下処理として不可欠なのが、表面のドリップ除去と的確な塩水洗浄です。パックから出したボイルベビーホタテには、表面にわずかな雑味成分を含んだ水分が付着しています。これを真水で洗うと浸透圧の差で細胞が破壊され、せっかくのコハク酸やグリシンといった旨味成分が流れ出てしまいます。下処理を行う際は、海水と同等である「水200mlに対して塩小さじ1（約3％濃度）」の食塩水で優しく表面を洗い、キッチンペーパーで水分を徹底的に拭き取ることがプロの現場における基本手順です。
また、冷凍ベビーホタテの解凍方法においても、室温放置や電子レンジによる急速解凍は厳禁とされています。細胞膜を傷つけずに解凍するためには、ジッパー付き保存袋に入れて空気を抜き、氷水を張ったボウルに沈める「氷水解凍（約20〜30分）」が最適です。時間がない場合でも、3％の薄い塩水に直接浸して10〜15分ほど置く「塩水解凍」を選択することで、細胞破壊を防ぎながらふっくらとしたみずみずしさを完全にキープできます。
