本殿の参拝を終えたら、ぜひ訪れたいのが弥彦山山頂（標高634m）に位置する御神廟（奥宮）です。標高634mは偶然にも東京スカイツリーと全く同じ高さであり、越後平野と日本海、佐渡島を一望する360度の大パノラマが広がります。
山麓から山頂へは、弥彦神社本殿裏手から無料送迎バスまたは徒歩でアクセスできる弥彦山ロープウェイの利用が便利です。所要時間約5分間の空中散歩では、四季折々の壮大な自然美を堪能できます。山頂駅から徒歩約10分ほど尾根道を登ると、天香山命と熟穂屋姫命の夫婦神が眠る奥宮へ到着します。本殿と奥宮の両方を参拝する「両参り」を行うことで、より強いご加護を授かることができるとされています。
また、参拝の記念として欠かせない御朱印の種類と受付時間、授与品事情についても押さえておきましょう。社務所（授与所）は通常8:30〜16:30頃まで開所しており、本殿前でいただける通常御朱印のほか、季節ごとの特別御朱印、切り絵御朱印、さらに山頂奥宮の参拝者限定で授与される登拝御朱印などが用意されています（初穂料は500円〜1,000円程度）。
弥彦神社のお守りの効果と値段については、夫婦神の神徳にあやかった「縁結び守」（800円〜1,000円）や、開運厄除の「勝守」、職人の手による木製の伝統的なお守りなどが揃っており、日常的に身につけることで強い厄除け・招福効果が期待できます。
