医療事務として高水準の待遇を目指す上で、最も決定的な要素となるのが「勤務する施設の規模と形態」です。個人開業医（クリニック）と大規模な総合病院・大学病院では、年収にして50万〜150万円以上の開きが生じることも珍しくありません。
【小規模クリニック・診療所のリアル】
個人クリニックはスタッフ数が3〜5名程度と少なく、アットホームで残業が少ないメリットがあります。しかし、福利厚生や各種手当が乏しく、昇給の上限が早い段階で訪れるのが難点です。院長の経営方針やクリニックの立地、患者数に給与が直結するため、繁盛していれば臨時ボーナスが出る反面、業績不振時には昇給が見送られるリスクを孕んでいます。
【総合病院・大学病院・大規模医療法人のリアル】
病床数数百床規模の大病院では、医事課組織が細分化されており、基本給ベースが高水準かつ賞与も年間3.5〜4.5ヶ月分支給されるケースが目立ちます。当直手当、時間外手当、住宅手当、家族手当といった諸手当が手厚く、年功序列的な定期昇給制度が確立されているため、長く勤めるほど確実に年収400万円台に近づきます。ただし、救急対応や夜間受付、膨大なレセプト処理に追われるなど、業務負担が大きくなる点はトレードオフです。
