重厚なエントランスをくぐると、外光を抑えた展示室が来館者を迎えます。国立ハンセン病資料館の常設展示は大きく3室（第1室「歴史展示」、第2室「癩療養所」、第3室「人権・名誉回復」）で構成されており、来館者が歩みを進めるごとに、国家権力と社会がひとりの人間に科した過酷な運命を追体験する構造になっています。
第1室では、古代から近代に至るハンセン病への差別観の変遷が克明に記録されています。かつて「天刑病」などと呼ばれ因果応報の迷信に縛られていた時代を経て、明治期に日本が近代国家を目指す過程で「国辱」として患者を隠蔽・排除していった構造が一次史料によって突きつけられます。
展示の中核をなす第2室「癩療養所」に足を踏み入れると、思わず息を呑む光景が広がります。そこにあるのは、社会から隔絶された療養所内で実際に使われていた粗末な日用品、患者自身の手によって作られた義手や自助具、そして園内だけでしか通用しなかった「園内通用票（特殊通貨）」です。所持金を没収され、逃走を防ぐために偽りの金を与えられて生かされた事実、そして何より来館者の胸を締め付けるのが、結婚の条件として強制された「断種手術（ワゼクトミー）」の器具や、胎児標本の記録です。子どもを産み育てる権利さえ国家によって奪われた証拠が、冷酷な現実として陳列されています。
さらに現在、来館者の心を揺さぶっているのが回復者 証言映像の数々です。モニターに映し出される元患者たちは、かつて故郷で浴びせられた罵声、警察や白い防護服を着た衛生係に踏み込まれた日の恐怖、そして「二度と敷居を跨ぐな」と家族から実名を消された痛哭の手記を、静かな口調で語りかけます。関係者の取材録でも明かされているように、「病気の苦しみ以上に、人間扱いされなかったことの悔しさが消えない」という告白は、傍観者であり続けた日本社会の倫理を根底から揺さぶります。
最新の取り組みとして注目を集めているのが、新たに導入されたVR技術による体験型プログラムです。熊本の療養所「菊池恵楓園」に実在した、療養所と一般社会を冷徹に分断していたコンクリートの壁をバーチャル空間で体感する映像展示は、視覚と聴覚を通じて「隔離とは具体的にどのような暴力であったか」をリアルに追体験させます。
