非常に便利なセットプランですが、最大の弱点は「キャンセルの融通が利きにくい」点にあります。通常のJRきっぷであれば、出発直前でも数百円の手数料で払い戻しが可能ですが、セットプランは「募集型企画旅行（パッケージツアー）」という扱いになります。
そのため、出発日の20日前（日帰りプランの場合は10日前）を過ぎると、一律で20%以上のキャンセル料が発生し始めます。また、列車の変更やホテルの日程変更も、一度予約を全てキャンセルして取り直さなければならないケースがほとんどです。予定が流動的な場合は、個別手配の方が無難なこともあります。
