万能に見えるクエン酸ですが、使用を避けるべき素材も存在します。最も注意したいのが、大理石や人造大理石です。酸の力によって石材が溶け、ツヤが失われてしまう恐れがあります。また、鉄や銅、真鍮などの金属に使用すると錆びの原因になるため、使用後はしっかりと水で洗い流すか、拭き取る必要があります。
そして絶対に忘れてはならないのが、塩素系漂白剤との併用です。「混ぜるな危険」の表示通り、酸性のクエン酸と塩素系の洗剤が混ざると、有毒な塩素ガスが発生し非常に危険です。カビ取り剤などを使用する日は、クエン酸の使用を避けるといった基本的なルールは徹底しましょう。