南北線を乗りこなす上で鍵を握るのが、南北の両端駅および都心部メガターミナルの構造理解です。
北の起点である札幌南北線麻生駅乗り換えでは、JR札沼線（学園都市線）の新琴似駅との徒歩連絡が有名です。地上を約500メートル歩く必要がありますが、ロードヒーティングが整備された歩道を通るため冬場でも極端な支障はありません。当別方面からの通学客が都心へ直行する際のバイパスルートとして重宝されています。
南の拠点である札幌南北線真駒内駅バス連絡は、南区の広大な丘陵住宅街や定山渓温泉、札幌芸術の森方面への玄関口として機能しています。地下鉄改札口から直結するバスターミナルは系統ごとに乗り場が整然と分かれており、地下鉄とじょうてつバス・北海道中央バスのシームレスな乗り継ぎ割引が日々の移動を支えています。
そして都心部の要である札幌南北線さっぽろ駅大通駅は、札幌駅前通地下歩行空間（チカホ）によって直結しており、南北線を使わずとも徒歩移動が可能です。特に「さっぽろ駅〜大通駅」の1区間は、混雑時には地下鉄を待って乗車するよりも、チカホを軽快に歩いた方が早くて快適なケースも多々あります。また、東豊線への乗り換えを検討する際は、大通駅よりも改札外連絡通路が短いさっぽろ駅での乗り換えを選ぶ方が歩行距離を短縮できます。
