保存場所を巡っては「常温か冷蔵庫か」という議論が長年続いていますが、製菓理論および食品保存の観点から導き出される結論は「直射日光と高温多湿を避けた冷暗所での常温保存」です。
冷蔵庫内の空気自体は乾燥しているものの、調理時に冷蔵庫から出し入れする際、冷えた容器の表面や内部空間に室温との温度差による「結露」が発生します。この微細な水滴こそがベーキングパウダーの早期反応の引き金となります。特に梅雨時から夏季にかけての日本の高温多湿な室内では、一度の結露で粉末がダマになり、ガス抜けが一気に加速します。
ただし、夏季に室温が30℃を超える環境や害虫（シバンムシ等）の侵入を防ぎたい場合は、冷蔵保存を選択せざるを得ないケースもあります。その際は、外気の影響を受けにくい二重密閉構造を取り、使用時は必要な分量を素早く取り出して直ちに庫内へ戻す徹底した温度管理が求められます。
