さくらももこさんの公式な死因は「乳がん」です。2018年8月15日午後8時29分、53歳という若さでこの世を去りました。あまりにも突然の発表だったため、世間では突発的な急性疾患ではないかとも推測されましたが、実際には約10年近くに及ぶ長期の闘病生活があったことが判明しています。
関係者の証言によると、乳がんが発覚した後も精力的に執筆活動を継続。入退院を繰り返しながら、抗がん剤治療や手術などの過酷な医療ケアを受けていたとされています。体調が優れない時期でも原稿を落とすことは一切なく、締め切りを厳守して連載やエッセイの執筆をやり遂げていました。
最期は家族やごく近しいスタッフに見守られながら、静かに息を引き取ったと伝えられています。命日となった8月15日は終戦記念日であり、お盆の時期と重なったこともあって、多くのファンが毎年この日に追悼の祈りを捧げています。