アプリアイコンをカスタマイズした直後に多くの人が直面するのが、「LINEなどの通知バッジ（赤丸の数字）が表示されない」という仕様上の問題です。これはショートカット経由で生成したアイコンが、元のアプリ本体とは別のエイリアス（リンク）として動作していることが理由です。
アイコン変えたら通知来ない 理由と対処法としては、通知確認が必須なメッセージアプリや連絡ツールだけは純正アイコンを残し、使用頻度の低いツール系やゲームアプリを中心に着せ替えるハイブリッド運用が実用的です。
また、iPhoneでアプリを起動した際に画面上部へ一瞬表示される通知バナーについては、iOSの「設定」＞「アクセシビリティ」＞「動作」内の「視覚効果を減らす」をオンにする設定や、「オートメーション」機能の工夫によって、挙動を最小限に抑えることが可能です。日々の操作ストレスを減らすためにも、導入時に合わせて設定を見直しておきましょう。
