「海の巨大水族館と比べて地味なのでは」という先入観を鮮やかに覆すのが、アクア・トトぎふの最大の特徴です。館内は4階建て構造になっており、最上階の4階から1階へと下りながら、地域のシンボルである「長良川の源流から河口」、そして「アジア、アフリカ、南米アマゾンの巨大河川」へと巡るダイナミックなストーリー設計が施されています。
館内最大のハイライトは、世界の巨大淡水魚が一堂に会する展示エリアです。全長3メートル近くに達する生きた化石ピラルクや、東南アジアの怪魚メコンオオナマズが悠然と泳ぐ巨大水槽は、見る者を圧倒するスケール感を誇ります。単に魚を並べるだけでなく、現地の植生や滝、霧の演出まで計算し尽くされたバイオトープ空間は、学術的価値とエンターテインメント性を高次元で両立させています。
さらに、愛らしい表情で子どもから大人まで魅了するカピバラのふれあい体験やエサやりプログラム、コツメカワウソの生き生きとした生態観察など、水生哺乳類と直接触れ合える体験型コンテンツも充実しています。