胃粘膜下腫瘍を指摘された多くの人が抱く疑問が、「なぜ自分が？生活習慣に問題があったのか」という点です。臨床データにおいて、胃粘膜下腫瘍の原因と自覚症状には明確な特徴があります。胃がんと異なり、ピロリ菌感染や塩分の過剰摂取、喫煙、飲酒といった後天的な生活習慣との直接的な因果関係は証明されていません。
特に問題視されるGISTに関しては、消化管のぜん動運動を司るペースメーカー細胞（カハール介在細胞）において、増殖シグナルを出す「KIT遺伝子」や「PDGFRA遺伝子」の偶発的な突然変異が原因であることが解明されています。遺伝性の家族性GISTは極めて稀であり、ほとんどは遺伝しない孤発性の変異です。
自覚症状に関しては、腫瘍が5cm以上などの巨大サイズに達して中心部が崩れ出血（下血や吐血、慢性的な貧血）を起こしたり、胃の出口を塞いで腹痛や嘔気を引き起こしたりしない限り、初期段階ではほぼ100%が無症状です。人間ドックや職場検診の普及により、症状のない小さな段階で偶然発見されるケースが全体の8割以上を占めています。
