下準備を終えた種芋を土に下ろす段階では、ミリ単位・センチ単位の正確な配置が要求されます。新じゃがが形成されるのは「種芋よりも上層の茎（ストロン）」であるという植物構造を理解していないと、重大な収量低下を招きます。
露地栽培における植え付けの深さと株間の適正値は、深さ7〜10センチ、株間30センチ前後です。浅すぎると形成された芋が日光に晒されて緑化（毒素ソラニンの生成）し、深すぎると地温が上がらず萌芽が遅れるうえ、土中の酸欠腐敗を招きます。また、畝間は土寄せ作業のスペースを確保するため60〜70センチを確保するのが定石です。
じゃがいも土作りと元肥の設計では、土壌酸度のコントロールが最重要項目となります。じゃがいもが好む酸度はpH5.5〜6.0の弱酸性です。一般的な野菜作りの感覚で苦土石灰を大量投入すると、土壌が中性に傾き、そうか病菌（Streptomyces属菌）が爆発的に活性化して芋の表面がアバタ状に荒れてしまいます。元肥には完熟堆肥と、チッソ・リン酸・カリが均等（8-8-8など）またはカリ分がやや高めの化成肥料を用います。チッソ過多は「葉ばかり茂って芋がつかない」つるぼけ現象を引き起こすため、控えめな施肥設計を徹底してください。
近年人気のプランター栽培では、深さ30センチ以上の深型容器が必須です。底面に鉢底石を厚めに敷いて排水性を極限まで高め、初期の土はプランターの深さの半分（15センチ程度）にとどめます。成長に合わせて土を足していく「増し土」のスペースを上部に残しておくことが、コンテナ栽培を成功させる唯一の構造的アプローチです。
