館内全体の平均所要時間は約2時間〜3時間です。ショー鑑賞（約30分）に加え、大水槽「九州の外洋」のイワシタイフーン見学、アザラシが泳ぐ「かいじゅうアイランド」、ランチタイムを含めると半日（約4時間）じっくり楽しむスケジュールを組むのが理想的です。
混雑のピークは、土日祝日の11:30〜14:30に集中します。この時間帯はメイン通路やレストランが混み合います。混雑を巧みに回避するなら、開館直後の午前9時台に入場するか、午後14時半以降に入館する「オフピーク来館」が極めて有効です。
現地のリアルタイムな混雑状況を把握するには、Googleマップの「混雑する時間帯」ライブデータのほか、公式SNS（X/Instagram）のリアルタイム投稿をチェックするのが最も確実です。館内を巡る際は、入館直後にあえて奥の「かいじゅうアイランド」や2階展示から逆ルートで回り始めると、人の波を避けて快適に鑑賞できます。
