人類学や自然人類学の知見に目を向けると、この「ハーフ誤認」の構造がより科学的に浮き彫りになります。日本列島の人類史において長年支持されている「二重構造モデル」や近年のゲノム解析データによれば、本土の日本人が弥生系渡来人の遺伝的影響を強く受けているのに対し、沖縄（琉球集団）およびアイヌ集団は、古モンゴロイドである縄文人の遺伝的特徴を濃厚に残していることが証明されています。
縄文系形質の特徴とは、以下のような点に集約されます。
- 眼窩が四角く深く窪み、眉弓（眉の骨）が前方に突出している
- まぶたの脂肪が薄く、はっきりとした二重まぶたで蒙古襞がない
- 鼻根部が高く、鼻筋が直線的または鷲鼻傾向を示す
- 唇が適度に引き締まり、立体的な顎（オトガイ）を持つ
これらの身体的特徴は、偶然にもコーカソイド（白人系）の顔面骨格と共通する要素を多く含んでいます。そのため、本土の人間が沖縄出身者の端正な顔立ちを見た際、無意識のうちに「西洋人の血が混ざっているのではないか」とバイアスをかけて解釈してしまうのです。
加えて、沖縄には戦後米軍基地が存在してきたという歴史的背景があるため、本土のメディアやネットユーザーが「沖縄出身＝米軍関係者とのハーフが多い」というステレオタイプを無批判に当てはめてしまったことが、母親ハーフ説の最大の構造的要因でした。
