パイナップルリリーの耐寒性はマイナス5℃程度まで耐えうるとされていますが、これは「乾燥した休眠状態」であることが大前提です。冬の寒さに過湿が加わると、球根は容易に腐敗して消滅します。
【暖地・平野部（関東以西）の地植え冬越し】
秋に葉が自然に黄色く枯れ落ちたら地際で切り戻します。霜柱が立つ地域では、球根の上に腐葉土、敷き藁、もみがらなどを10〜15cmほど厚めにマルチングし、地中の凍結を防ぐだけで植えっぱなし越冬が可能です。
【寒冷地（東北・北海道・高冷地）および鉢植えの冬越し】
地中の温度が氷点下を下回る寒冷地では、初冬（10月下旬〜11月頃）に球根を一度掘り上げます。水洗いせず土を軽く払い、日陰で数日間乾燥させた後、ピートモスやおがくずを入れた箱に入れて凍らない室内（5〜10℃前後）で保管します。
鉢植えの場合は、水やりを完全に停止して土をカラカラに乾かした状態で、雨や雪の当たらない軒下や玄関・ガレージ内に取り込むことで安全に越冬できます。
