正規料金でも高いコストパフォーマンスを誇る伊勢湾フェリーですが、各種割引制度を組み合わせることでさらにお得に利用できます。旅程が決まっている場合にまず検討したいのが往復割引 乗船券です。往路乗船日を含めて7日間有効で、復路運賃が20%割引（旅客および車両）となるため、往復利用なら確実に選択すべき基本ワザです。
さらに見逃せないのが、JAF会員優待やタイムズクラブ、各種提携クレジットカードの提示で受けられる伊勢湾フェリー 割引 クーポンです。窓口精算時に提示するだけで旅客運賃や車両航送が10%割引になるケースが多く、手軽に恩恵を受けられます。また、近畿日本鉄道や豊橋鉄道と連携した企画乗車券（「伊勢鳥羽・渥美半島周遊きっぷ」など）を利用すれば、公共交通機関利用者のトータル交通費を大幅に圧縮できます。
乗船手続きの効率化と混雑回避には、伊勢湾フェリー ネット予約の事前活用が欠かせません。車両航送 予約方法は、公式ウェブサイトの予約専用ページから乗船日の2ヶ月前（または1ヶ月前）から出航直前まで申し込みが可能です。クレジットカードによる事前決済を済ませておけば、当日はスマートチェックインでスムーズに乗船待機場へ誘導されます。
