本作最大の謎であり、すべての元凶として立ちはだかるラスボスが「空亡（そらなき）」です。物語の終盤で明らかになる妖怪ウォッチ4 空亡 正体 真相は、単なる勧善懲悪では片付けられない、妖魔界の悲劇的な因果に深く根ざしていました。
空亡の正体は、かつて先代閻魔大王の時代に妖魔界から追放され、闇へと堕ちた怨念の集合体であり、かつて光の存在であった神獣の成れの果てです。自らを否定し拒絶した世界への復讐心と、深淵の孤独が長い年月をかけて膨れ上がり、時空の歪みを利用して全世界の存在を闇で呑み込もうとしていたのです。映画版で描かれた紫炎の野望とも裏で繋がりを持っており、すべての世界線に影を落としていた元凶であることが明かされます。
妖怪ウォッチ4 エンディング 考察の観点において特筆すべきは、主人公たちが空亡をただ殲滅するのではなく、その悲しみと孤独を受け止めて魂を浄化へと導く点にあります。戦いの終結後、それぞれの世界を繋いでいたトビラは閉じられ、登場人物たちは本来の時間軸へと帰還します。記憶は薄れゆくものの、魂に刻まれた「同じ空を見上げていた記憶」は決して消えないという、切なくも爽やかな余韻を残す幕引きとなっています。
