事件の重大性に鑑み、警察組織の動きと並行して京都地方検察庁も初動段階から捜査の推移を注視している。被疑者の特定および身柄確保後の公判維持を見据え、押収された物的証拠の証拠能力や、供述だけに頼らない客観的立証体制の構築が急務となっているからだ。
デジタルフォレンジック技術を用いた携帯電話の位置情報履歴や、通過車両を捉えたNシステム（自動車ナンバー自動読取装置）のデータ照合も急ピッチで進む。検察官と捜査幹部による綿密な協議が重ねられ、刑事責任能力の有無も含めた緻密な法的手続きのシミュレーションが水面下で進められている。
