しじみ汁の成否を分ける最大の関門は、購入直後の下処理にあります。「しじみは淡水魚だから真水で砂抜きする」という誤った認識が広まっていますが、一般に流通しているヤマトシジミは淡水と海水が混ざり合う汽水域に生息しています。そのため、真水に浸けると浸透圧の差からストレスを受け、大切な旨味成分であるコハク酸やグルタミン酸が水中に逃げ出してしまいます。
島根県の宍道湖をはじめとする主要産地の漁業関係者や調理指導の現場が推奨する失敗しない砂抜きの塩分濃度は1%（水500mlに対して食塩5g・小さじ1杯程度）です。この濃度が生息域の汽水に最も近く、貝がリラックスして勢いよく砂を吐き出します。
さらに重要なのが配置方法です。平らなバットに底上げ用のザルを重ね、しじみが重ならないよう平らに並べます。吐いた砂を再び吸い込むのを防ぐため、必ず貝が底から浮いた状態を作ることが不可欠です。水面は貝の頭がわずかに空気に触れる「ひたひた」程度に調整し、新聞紙やアルミホイルを被せて暗所に3〜4時間置きます。暗闇と適度な空気接触を作ることで、自生環境が再現されて活発に砂を排出します。
