横浜ベイクォーターが他の商業施設と一線を画す大きな特徴が、極めて高いペット親和性（ドッグフレンドリー）です。館内の共用通路ではリード着用またはペットカートでの移動が認められており、愛犬と一緒に買い物を楽しむ光景が日常的に見られます。
飲食店舗においても、テラス席を中心にペット同伴で食事が可能なレストラン＆カフェが多数配置されています。さらに、ペット専用のセレクトショップやトリミングサロン、クリニックなども入居しており、ペットオーナーにとっての利便性は神奈川県内でもトップクラスと言えます。
また、広場スペースである「メイン広場」や「ベイガーデン」では、季節ごとに魅力的な横浜ベイクォーター イベントが定期開催されています。ランタンナイトやフラワーガーデンといったインスタレーション展示から、ドッグマルシェ、ハンドメイドマーケットまで多彩に展開され、訪れるたびに新鮮な体験ができる仕掛けが整えられています。
