黒の組織の真の目的については、作中のキーパーソンたちの発言から断片的に示唆されています。最も有名なものが、幹部ベルモットが遺した以下の言葉です。
「We can be both of God and the Devil. Since we're trying to raise the dead against the stream of time.（我々は神であり悪魔でもある。なぜなら時の流れに逆らって、死者を蘇らせようとしているのだから）」
また、組織が凄腕プログラマーの板倉卓に莫大な資金を投じて開発させていた「システムソフト」も、人類の未来を左右する危険なものでした。これらの証言を総合すると、組織の目的は単なる犯罪による利益追求ではなく、「不老不死」「時間の逆行」「死者蘇生」といった生命の理を覆す研究の完成にあることは明白です。烏丸蓮耶自身の不老長寿の維持、あるいは過去に亡くした最愛の存在の復活などが根底にあると推測されています。
