家計への負担を気にして内部クリーンを手動でオフにしてしまう人もいますが、実際のランニングコストは驚くほど経済的です。
大手電力各社の電気料金単価（1kWh＝31円基準）で試算すると、一般的な6畳〜14畳用エアコンにおける内部クリーンの消費電力は0.03〜0.1kWh程度です。つまり、1回あたりの電気代は約1円〜3円に収まります。1日1回、夏場の3ヶ月間（90日間）毎日作動させ続けたとしても、年間の電気代総額は約90円〜270円程度にすぎません。内部クリーンを切ってカビを繁殖させ、数万円のクリーニング費用を払ったりエアコンの熱効率を落として電気代を数千円悪化させたりするリスクを考えれば、圧倒的に費用対効果の高い投資です。
また、「運転時間が長くて終わらない」という不安の声もよく聞かれます。内部クリーンの標準作動時間は約60分〜120分（1〜2時間）です。外気温や室内の湿度、内部の結露量に応じて自動制御されるため、湿気が多い梅雨時や猛暑日は時間が長くなる傾向があります。「故障して止まらない」わけではなく、しっかり乾燥させるための正常なプロセスです。
運用の鉄則として、冷房・除湿運転を使った日は「毎回」内部クリーンを作動させるのが最も理想的です。カビ菌は湿度が70%以上の環境であれば24〜48時間で菌糸を伸ばし始めるため、たまに動かすだけでは予防効果が半減してしまいます。
