防風通聖散の服用に伴い最も頻繁に遭遇するのが消化器系のトラブルですが、本当に警戒すべきは生命の危機に直結する重篤な有害事象です。添付文書にも明確に記載されているにもかかわらず、一般にはあまり認知されていない危険な兆候について正確に把握しておく必要があります。
とくに警戒を要する重大な副作用として、以下の3つの疾患群が挙げられます。
第1に、防風通聖散の間質性肺炎の初期症状です。階段を上る、あるいは少し荷物を持って歩くといった日常の動作で「急に息切れがする」「空咳（痰を伴わない乾いた咳）が続く」といった変化が現れ、発熱を伴うことがあります。風邪の初期症状と酷似しているため見過ごされやすく、発見が遅れると不可逆的な肺の線維化へ進行するリスクがあります。
第2に、防風通聖散の肝機能障害の症状です。全身の激しい倦怠感、食欲不振、皮膚や白目の部分が黄色くなる黄疸、尿の色が濃い褐色になるといった異常が現れます。自覚症状が乏しいまま血液検査のASTやALT、γ-GTPの数値が急上昇することもあるため、服用開始後の定期的な観察が欠かせません。
第3に、生薬の甘草（カンゾウ）に含まれるグリチルリチン酸に起因する偽アルドステロン症によるむくみや血圧上昇、そして低カリウム血症に伴う手足のしびれや脱力感（ミオパチー）です。体内に水分とナトリウムが異常に貯留することで顔や手足がパンパンに腫れ上がり、重篤な不整脈を誘発する恐れがあります。
これらの異変を察知した場合、決して自己判断で様子を見ず、速やかに服用を中止し専門の医療機関を受診することが、後遺症を防ぐための絶対条件となります。
