一方で、注意しなければならないのが生殖器周辺の細菌感染や炎症による変色です。特に前立腺炎で精子が黄色くなるケースは代表的で、前立腺に大腸菌などの細菌が侵入して炎症を起こすと、白血球や壊死した細胞が混入して精液が濁った黄色へと変わります。
また、精液の大部分を分泌する袋状の器官である精嚢炎の症状としても、精液の変色は顕著に現れます。精嚢に炎症が及ぶと、黄色く変色するだけでなく、血液が混ざって赤褐色やピンク色（血精液症）になることもあります。
見逃せないのが、クラミジアや淋菌をはじめとする精子が黄色い原因となる性病です。感染によって尿道や副睾丸（精巣上体）に強い炎症が起きると、精液に黄緑色の膿が混じったようなドロッとした状態になることがあります。この場合、放置すると無精子症や不妊の原因になる恐れもあるため、迅速な診断が欠かせません。
