では、エボラウイルスはもともと自然界のどこに潜んでいたのでしょうか。ウイルスが絶滅せずに生存し続ける拠点を「自然宿主（リザーバー）」と呼びますが、長年にわたりその特定は極めて難航しました。
数々のフィールドワークと遺伝子解析の結果、現在最も有力なエボラウイルスの自然宿主とされているのが、熱帯雨林に生息する「オオコウモリ（フルーツバット）」の仲間です。ウマヅラコウモリやフランケオオコウモリなどの体内からウイルスのRNAや特異抗体が検出されており、コウモリ自身はウイルスを保持していても重篤な症状を発症しません。
人間への感染源となる典型的なルートは、野生動物の肉を食用とするブッシュミート（野生動物の肉）の解体や調理です。オオコウモリが食べ残した果実をチンパンジーやゴリラ、ダイカー（小型のレイヨウ）などが口にして感染し、弱ったり死亡したそれらの動物を人間が狩猟・解体する過程で、血液や体液を介してウイルスがヒトへと侵入します。
さらに、森林伐採や農地開発によって熱帯雨林の奥深くまで人間が立ち入るようになったことが、野生動物とヒトの接触機会を劇的に増やし、エボラ出血熱の発生源から人間社会へとウイルスが飛び出す決定的な要因となりました。
